La ruta del meu Nextcloud a la Raspberry Pi 2 és /usr/local/www/nextcloud/data/joancatala/files/, que és un filesystem muntat a un disc dur SATA d'1 GB, i és possible copiar moltes fitxers alhora, i si després volem que els detecte Nextcloud via web, farem:
sudo -u www php occ files:scan joancatala
Aquest procés actualitzarà la base de dades de Nextcloud amb l'ordre occ que ve de "ownCloud Console" i hi ha molta informació a la documentació de Nextcloud.
Un article interessant és https://www.c-rieger.de/using-nextclouds-command-line/ on pots veure que l'ordre occ és semblant a drush de Drupal, ja que et permet treballar i fer moltes tasques de gestió directament des de la terminal.
Espere que trobes útil aquest article ;-)